对TCGA基因表达数据深入分析：UALCAN
GUIDE ╲ UALCAN是一个全面的、用户友好的、交互式的web资源，用于分析癌症组学数据。
导语
GUIDE ╲
UALCAN是一个全面的、用户友好的、交互式的web资源，用于分析癌症组学数据。
癌症基因组图谱(TCGA)项目的基因组数据导致了对多种癌症类型的全面分子表征。TCGA中的大样本数量为解决与肿瘤异质性相关的问题提供了极好的机会。癌症研究人员和临床医生对数据的探索是挖掘新的治疗/诊断生物标志物的必要条件。
相关研究开发了各种计算工具，以协助研究人员进行特定的TCGA数据分析。然而，仍旧需要一些资源来促进肿瘤间基因表达变异和生存关联的研究。UALCAN是一个易于使用的，交互式的门户网站，可以执行对TCGA基因表达数据的深入分析。UALCAN使用TCGA level 3 RNA-seq和31种癌症的临床数据。
UALCAN有如下功能：
a)提供对公开的癌症组学数据(TCGA和MET500)；
b)允许用户识别生物标记物或进行电脑模拟验证的潜在基因感兴趣；
c)评估基因在乳腺癌和前列腺癌分子亚型中的表达；
d)评价启动子甲基化对基因表达的表观遗传调控，并与基因表达的相关性；
e)提供描述基因表达的图表和基于基因表达的患者生存信息；
f)进行泛癌基因表达分析；
g)通过连接HPRD、GeneCards、Pubmed、TargetScan、human protein atlas、DRUGBANK、Open targets和GTEx，提供有关所选基因/靶标的额外信息。
UALCAN资源作为一个平台，在电脑模拟上上验证的目标基因和确定肿瘤亚群特异性候选生物标志物。因此，UALCAN门户网站在加速癌症研究方面非常有帮助。UALCAN网址：http://ualcan.path.uab.edu
1.获取top差异表达基因列表
（1）进入UALCAN的分析页面，点击左面选择感兴趣的癌症
（2）与正常样本相比，UALCAN列出了感兴趣的癌症中的250个过表达/低表达基因
（3）用户可以通过点击热图来分析基因表达和个体基因的生存情况
（4）分亚型查看差异表达基因top 250个过表达/低表达
2.如何查询特定癌症感兴趣的基因?
（1）进入UALCAN分析页面，在文本区输入基因的名字
（2）从下拉菜单中选择感兴趣的TCGA数据集，然后单击“Explore”按钮提交
（3）输出页面提供指向分析结果的链接和外部数据库链接
①如何基于临床病理因素探讨感兴趣基因的表达谱?
a）获取基于患者种族的乳腺癌数据集EZH2表达谱
b）下载box plot
②如何从UALCAN获得Kaplan meier图
乳腺癌TCGA数据集EZH2生存图谱分析：
③如何从UALCAN获得启动子DNA甲基化水平
乳腺癌TCGA数据集中THSD1启动子DNA甲基化水平分析：
④如何从UALCAN中获得正相关和负相关基因列表
获取乳腺癌TCGA数据集中EZH2正/负相关基因列表：
3. 如何获得预编译基因类的表达和生存谱
（1）进入UALCAN的分析页面
（2）查询UALCAN以获得预编译的基因类
（3）选择感兴趣的基因类别(如激酶编码基因)，点击“Explore”查看结果
（4）UALCAN列出了所有的激酶编码基因，并显示了它们在不同癌症中的表达状态和生存效果。
（5）用户可以点击这些链接中的任何一个来可视化表达和生存配置文件
4.癌症术语介绍
UALCAN数据库提供了TCGA的基因转录组数据，允许用户识别生物标记物，评估基因在不同分子亚型中的表达，评估启动子甲基化对基因表达的表观遗传调控，并与基因表达的相关性，提供描述基因表达的图表和基于基因表达的患者生存信息等功能。UALCAN可以帮助我们识别新的诊断和治疗靶点，研究任何特定癌症的基因表达及其疾病相关性。凭借其直观的特性，UALCAN将使跨学科的研究人员能够方便地查询他们对癌症感兴趣的目标或基因，并进行交叉疾病关联。
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