TCGA泛癌全基因组分析（PCAWG）介绍

在2018年的时候，TCGA的相关工作人员在cell旗下的等一系列的高分杂志上发表了27篇相关的相关泛癌分析的文献。当时的那个计划叫做泛癌图谱(Pan-Cancer Atlas)。

再往后系统的泛癌分析接下来就是到了今年的PCAWG了。

泛癌全基因组分析(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes , PCAWG)是TCGA的相关工作人员，利用TCGA数据当中的WGS(全基因组测序)的数据。对所有肿瘤在DNA水平上的统一的分析。而这次的话，在nature旗下的杂志一次性的发表了17篇文章 (下一次的泛癌文章，会不会发到science旗下呢？)。

对于这次的PCAWG方面的分析，TCGA的工作人员通过主要是通过结构变异、肿瘤进化、突变特征、癌症驱动、基因调控以及相关工具来进行归类的。

为什么突然要介绍介绍PCAWG呢？这个因为最近在NATURE COMMUNICATIONS上发表了一篇介绍使用和可视化PCAWG数据的文献。在这个文献里面介绍了五个可以用来分析PCAWG的在线数据库。利用这五个数据库我们就可以来自己分析PCAWG的数据了。

在这篇文章里面，同时也对这五个数据库的功能进行了一下简单的汇总。通过下面表格的汇总，通过????的表格看出

• 在数据检索方面，ICGC和UCSC XENA可以满足所有的检索方式
  

• 在数据可视化方面，每个数据库的功能则各有不同。
  

• 在数据分析方面，PCAWG Scout可以进行所有其他数据库进行的分析
  

• 在数据下载方面，尤其是最原始的BAM数据的下载ICGC数据库是可以的，别的都不行。