普通Taq酶即使在室温下也有一定的活性,如果不采取措施,再加入PCR试剂的过程中,正式PCR开始前就会有少量扩增,从而增加反应背景,影响PCR定量的精度。
同济大学附属东方医院胶州医院---王晓燕
聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术由美国Cetus公司K.Mullis博士于1983年建立,它是一个能在试管内模仿细胞内核酸复制过程,也就是能在体外特异性扩增一段特定核酸序列的技术。PCR技术使生命科学领域和研究手段发生了革命性的变化,与DNA克隆、DNA重组、DNA测序、RNA干扰等分子生物学技术一样,成为生物学和医学科学研究领域乃至临床疾病诊断不可缺少的工具。但PCR 方法非常敏感,实验室污染在阴性对照甚至空白对照中会出现假阳性的情况,使实验者无法对结果进行判断[1] 。
PCR实验室污染的原因导图及解决方案
PCR实验室污染原因可总结为以上4个,其中标本间交叉污染、PCR试剂的污染、PCR实验室克隆质粒的污染,都可以通过规范操作、实验室消毒等办法消除。扩增产物的污染,是PCR反应中最主要的污染问题,因为PCR产物拷贝量大(一般为1013copies/ml),远远高于PCR检测拷贝的上限,所以极微量的PCR产物气溶胶,就可能造成假阳性。而且气溶胶污染不能通过常规消毒消除,另外UV照射的去污染作用对500bp以下片段效果不好,而临床用于检测的PCR扩增片段通常为300bp左右,通风去污耗时较长,容易死角残留,因此UNG酶应运而生。
UNG酶在PCR实验中的作用原理
UNG 酶(Uracil-N-glycosylase,尿嘧啶-N-糖基化酶)可以降解含有脱氧尿嘧啶核苷酸(dU)的双链 DNA或单链 DNA 中的尿嘧啶糖苷键。如果在 PCR 反应体系中以 dUTP 取代 dTTP,使 PCR 产物都是含有dU的DNA链,在 PCR 开始前增加50 ℃的保温步骤 ,UNG 酶即可将反应体系中已有的dU的DNA污染物中的尿嘧啶碱基降解,并在随后变性这步的条件下 DNA 链断裂,消除由于污染DNA产生的扩增,从而保证扩增结果的特异性,准确性。同时 UNG 酶被灭活,不会再降解新扩增的产物 U-DNA。高品质的UNG酶可以消除高达108的U-DNA,和热启动Taq酶一同用于建立含有UNG/dUTP防污染的热启动PCR反应系统。由于商品化PCR试剂盒中均以dUTP取代dTTP,所以PCR产物都是含有dU的DNA链。目前这一技术也被广泛应用在新冠核酸检测反应体系中。
UNG酶特征
UNG 酶是克隆有Ecoli K12 Uracil-N-Glycosylase 基因的大肠杆菌经诱导表达后,再经三次纯化分离出来的重组蛋白,分子量25.66KDa。反应条件:50℃,2分钟;反应buffer:20mM Tris-HCL(PH:8.0);1mM EDTA;1mM DTT。UNG酶的最佳活性温度为50℃,95℃灭活。
UNG酶相关文献查阅
中华人民共和国行业标准WS/T 230-2002:临床诊断中聚合酶链反应(RT-PCR)技术的应用,对扩增产物的灭活及污染的处理、UNG酶的防污染作用进行了详细的描述:
另有研究显示,在RT-PCR反应中在不加入 UNG 酶时,阳性对照、样品、阴性对照都有特异性条带,甚至有时候换掉所有的试剂,仍然会出现同样的结果。加了 UNG 酶后,样品、阴性对照的特异性条带消失了[1]。
另外,造成 PCR 假阳性原因还有很多,要彻底根除 PCR 的假阳性。还需要严格操作和区分操作,如 DNA 提取区域、加 PCR 试剂区域、加模板区域、电泳区域,用的微量移液器也不能混用,另外套式PCR、 Touchdown PCR 等方法也能提高试验的特异性和重复性[2],企业可以采用多种技术,指定操作规程,保证检验的准确可靠。
热启动聚合酶简介
普通Taq酶即使在室温下也有一定的活性,如果不采取措施,再加入PCR试剂的过程中,正式PCR开始前就会有少量扩增,从而增加反应背景,影响PCR定量的精度。而热启动Taq聚合酶经过特殊修饰,其活性部位被封闭,在常温下活性部位不发挥作用,没有聚合酶活性,只有经过95℃10分钟的热启动以后,活性部位的封闭被解除,Taq聚合酶活性恢复,才能开始DNA链的延伸,因此,热启动Taq聚合酶可以最大限度地减少背景信号的生成。
参考文献
[1] 郭建华,李向碧,岳秀阳,等.UNG 酶在兽用生物制品支原体 PCR 检测中防止假阳性的应用[J] .中国兽医杂志,2016,52(7):83-85.
[2] Joyce W M,熊祺琰,韦艳娜,等.套式 PCR 检测中国江苏省猪场猪鼻支原体和猪肺炎支原体的感染[J] .中国人兽共患病学报,2014,30(8):800-805.
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编辑:青翠欲滴
审校:晨晨
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