目前来看,迭代重建还有相当强的生命力,比如某些条件下模型迭代重建甚至比深度学习重建表现更好。
第135篇原创
2022
相约第703天
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导语
“拆解”系列第7期,讨论CT图像重建算法,硬核的标题、有趣的内容、明确的观点。
纵观整个系列,重建算法篇是比较特殊的。因为从采购角度,值得我们关心的参数只有 重建速度(幅/秒) ,这关乎这图像质量和使用体验,尤其是在我国患者流通量十分巨大的情况下。
仅从参数角度讨论CT图像重建几乎没有意义,从大历史观角度梳理图像重建技术的发展,或许会更有趣、也更能引人思考。
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致敬:科马克教授
第二次世界大战时期,豪斯费尔德 ( Housefield)在英国皇家空军雷达学校任教,彼时科马克(Cormack)也是南非开普敦大学讲师,同时兼任G•舒尔医院放射科物理学家。
作为开普敦唯一的核物理学家,科马克在分析辐射治疗计划时,意识到了解X射线吸收系数在人体内分布的重要性,并想要重建初组织的吸收系数以提高辐射治疗的精确性。
1956年,科马克推导出图像重建的数学理论,并进行了实验,基于其重建技术计算出了铝和木头的吸收系数,此时CT已经在他脑海里萌芽。
科马克老师在授课(来自互联网)
1963年,已在塔夫斯大学任教的科马克教授重复了实验,首次发表了X射线电子计算机断层扫描技术(CT)的论文,提出了人体不同组织对X线吸收量的数学公式,从理论上将X射线与图像重建结合起来,CT理论基础正式诞生。
如果说豪斯费尔德教授是CT的发明人,那么科马克教授则是CT理论的奠基人。
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起源:第一幅重建图像
CT图像重建,自诞生之日就与计算机的算力紧密相连。1946年,第一台计算机埃尼阿克(ENIAC)诞生。21年后,豪斯费尔德研制出第一台CT原型机,先历时9天采集数据,后又在计算机上耗时2.5小时重建出图像。
1971年,英特尔发布了4004处理器。同年,在进一步改进数据采集和重建技术后,第一台可用于临床的CT安装在伦敦郊外阿特金森·莫利医院,仅4.5分钟就重建出第一幅人脑图像。
第一幅CT图像和英特尔4004处理器(来自互联网)
今天看来,重建一幅80x80的图像是轻而易举的,但在当时重建一幅断层图像的空间复杂度和时间复杂度都极具挑战,短时间内CT图像重建一直是工程师们头疼的问题。
最初,CT图像是通过称为代数重建技术(ART)的迭代方法重建的,比如第一幅CT图像是通过求解28000个联立方程获得的,可见因其计算量之大,不仅人力不可及,连当时最高性能的计算机也耗时过长。
由于当时缺发高性能计算机,代数重建很快更简单、更节约时间的滤波反投影取代,并长期霸榜,直到2009年临床上首次引入迭代重建技术。
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王者:滤波反投影
我们想象公园中有棵树,从任何方向都只能看到树的一隅。但如果绕树一周,从多种不同角度获取这棵树的投影,就可以反推出这棵树的全貌,这就是反投影。
由于直接投影是离散叠加的,会导致投影中心处信号集中、边缘处信号稀疏,必须在空缺处插值才能获得完整图像,这会导致图像边缘模糊,因此引入滤波反投影。
反投影和滤波反投影(来自互联网)
滤波反投影(Filtered Back Projection,FBP),顾名思义即先滤波、后反投影,在反投影前将每一个采集投影角度下的投影进行滤波处理,去除这些伪影信号,有助于改善点扩散函数引起的星状伪影,还原真实情况。 投影越多,定位越精准,得到的图像质量也就越高。FBP有明显的优缺点:
1) 操作简便,易于临床实现;图像锐利、保真度高; 因人为干预少,因此图像信息相对真实,定量真实性好; 因大幅减少计算量,重建速度快,相当长时间内FBP占据着主流。 目前,大多数厂家的FBP算法都非常快,普遍重建速度在30-100多幅/秒,完全满足临床使用需求,在很多设备上仍扮演着重要角色。比如,为患者流通量考虑,能一边扫一边重建的CT就更容易受到到欢迎。
2)由于其理论基础是线性变换,FBP也有不少缺点: FBP是剂量依赖型算法,为更高的信噪比,剂量必须足够高,以应对各种噪声; 难以克服硬化伪影 ,相当长时间内,医生都对这些伪影习以为常,如肩部硬化伪影,盆腔硬化伪影,颅底伪影等;对于无法有效区分X射线在人体内发生的散射,导致图像质量会一定程度下降。
滤波反投影下的硬化伪影(来自互联网)
需要说明的是,尽管理论基础一致,但各厂家重建核心算法都有明显个人风格。加上现代CT属于锥形束CT,轴扫还是螺旋扫、不同螺距、不同扫描野、不同重建野、不同滤波函数、不同部位专用补偿等都不一样,不能在缺乏其他条件情况下简单比较不同厂家的图像质量,哪怕是同一台CT,其在不同场景下的图像表现也是明显不一样的。
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完美继承者:迭代重建
由于FBP 是将X射线光源视为一个点,重建体素也视为一个点,对整个成像做了很多简化和假设,使FBP更像“黑盒字”,只能应用非常有限的模型和先验信息。而实际情况复杂得多,比如当少量光子到达探测器时,就不能正确地建模图像噪声。
因此,CT检查面临两个巨大挑战: 剂量和伪影,于是科学家和工程师们着手改进CT重建算法,于是,混合迭代重建诞生。
迭代重建(Iterative Reconstruction,IR),顾名思义就是需要循环往复,像炼金,一遍一遍熔化去杂质,直到获得纯度较高的金子。至于为什么叫 混合迭代(Hybrid-IR),是因为在此过程中,还是不能放弃FBP图像的起始位置,算是对FBP图像的迭代优化。
迭代示意图(来自互联网)
与滤波反投影相比,迭代重建在降低噪声、去除伪影上有较好的表现,这给降低扫描剂量和去金属伪影提供了可能。因此,我们发现2010年后,各厂商都推出了基于迭代重建的低剂量成像,如 ASIR(GE,后期是ASIR-V)、iDose(飞利浦,后期是iDose4)、SAFIRE(西门子)、AIDR 3D(佳能)、ClearView(东软)等。
与FBP相比,迭代重建大幅改善肩部伪影(来自互联网)
迭代技术刚问世的时候,曾遭到强烈质疑: 因为和FBP相比较,其图像不够锐利,噪声去除后显得很“假”,像相机开了美颜。尤其是高年资医生对FBP质疑更加强烈,因为他们从学习到工作,全都将FBP视为“金标准”。
实际上, 迭代重建有档位(或叫迭代深度), 随着迭代深度增加,这种变化更加明显,以至于在低剂量下出现了“蜡化伪影”或“塑料伪影”(Plastic artifact),图像边界晕化得一塌糊涂,因此很多时候默认中度档位迭代重建。此外, 因其计算复杂度提升,重建速度也没有FBP快,一般在30-70幅/秒,但是仍可接受。
尽管所面临的质疑是客观存在的,但迭代重建确实是进步的。 需要强调的是,迭代是一种思想,即用较小的代价来取得更好的结果,提升效率。 无论是老入门级CT,还是最新光谱CT、光子计数CT都在使用迭代策略。
与FBP相比,混合迭代将图像质量提升了一大截,尤其是半剂量(50% off),使如多期增强、灌注等等传统高剂量检查可以使用低剂量开展 。需要用户注意的是,各厂家白皮书的降低剂量百分比标称值,是具体某些部位的极限值。比如,肺部等具有强烈对比的部位容易降低剂量,最多降低82%;而腹盆等部位降低50%剂量都算好的。
不同厂家混合和模型迭代对比(来自互联网)
未获得广泛应用的模型迭代
尽管混合迭代表现相当不错,但和理想中的超低剂量、超低噪声、高保真解剖信息还有一段距离,科学家和工程师们仍不满足,着手开发 模型迭代(Model-Based Iterative Reconstruction,MBIR),如 IMR(飞利浦)、FIRST(佳能)、ADMIRE(西门子)、VEO(GE)等。
FBP、Hybrid-IR、MB-IR重建逻辑对比(来自互联网)
与混合迭代相比,模型迭代在降低噪声、提高图像质量方面较滤波反投影和混合迭代重建更有优势能使CT辐射剂量得到更大降低。比如,一些研究报告称,在成人和儿童患者的一些常规和非常规临床指征和身体区域,全模型迭代比混合迭代和滤波反投影更能降低辐射剂量,同时保持图像质量。
然而,模型迭代的模型更加复杂,需要更高重建算力,导致重建速度慢,加上成本昂贵,使全模型迭代并未获得广泛应用。但,这并不代表全迭代没有未来,其在相当宽的剂量范围中,都可维持很好的低噪声水平。比如,某项比较Hybrid-IR、MB-IR和DLR三种图像重建技术的研究,发现小结构在高剂量时在MB-IR上更容易看到,在低剂量时在DLR上更容易看到。
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未来可期:深度学习重建
随着神经网络,尤其是卷积神经网络(CNN)的成功,人工智能已迅速进入医学成像领域。提及深度学习,我们更多关注点可能在于智能辅助诊断,如肺结节、心血管、骨折、脑出血等自动诊断。其实,基于深度学习的重建技术也已成为CT图像重建的趋势。
关于 深度学习图像(Deep Learning Reconstruction,DLR)重建,笔者更愿意使用 “深度学习图像再现”(represent)来描述。简单地说,将一幅图像作为输入,经过一个黑箱子(训练过的神经网络),输出一幅高质量的图像。
“黑箱子”般神经网络(来自互联网)
整个过程,看起来像能化腐朽为神奇的“来料加工”,实际上经过训练的神经网络,模拟物体进入人眼、视神经、最后到大脑皮层的过程,多达数层甚至十数层的神经网络,看似引入了一些毫不相干的变量,但是结果往往如此令人着迷。
不过,和当初对迭代重建类似,DLR面临的质疑声更大,这主要是因为对深度学习不信任,认为整个过程太不透明,更像是“巫术”。但实际上, DLR有严谨完整且的数学理论基础,不仅CT,PET、MR图像优化也都在引入深度学习。
既然是科学训练,那么其训练集的选择就很有讲究, 有的(GE)选取高剂量、高标准的FBP图像作为训练集,有的(佳能)采用高剂量、高质量的MB-IR图像作为训练集, 这就要求厂商必须具备大量的装机和历史沉淀,遴选出最优秀的图像作为金标准(Ground Truth)。目前,获得FDA和NMPA批准的DLR算法已有两种: AiCE(佳能)和TrueFidelity(GE)。这意味着,深度学习重建已被监管机构承认,并可以应用于临床。
与迭代重建类似,AiCE(轻度、标准、强度)和True Fidelity(低、中、高)也提供了强度预设,能控制重建图像中的降噪强度,其重建时间同样会根据随选定强度而有所波动。
AiCE示意图(来自互联网)
与滤波反投影和迭代重建相比,深度学习重建的优点是能具有更好的图像去噪、图像纹理改进和伪影减少,但会进一步增加CT图像重建的复杂性,对于算力要求非常高,高性能GPU(显卡)往往是深度学习重建的标配 。比如,全球AI硬件王者英伟达提供的解决方案,能使 深度学习重建速度能达到几十幅/秒,基本满足临床使用。
除CT深度学习重建外,CT智能导航技术、MR加速采集技术、PET/CT超快成像等领域的应用,都得益于人工智能带来的好处。
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小结
目前来看, 迭代重建还有相当强的生命力,比如某些条件下模型迭代重建甚至比深度学习重建表现更好。不过,我们也必须承认, 深度学习重建代表着未来。随着越来越多高质量数据继续迭代神经网络,深度学习重建会越来越好、越来越受欢迎。。。
END
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