一键出图！肿瘤微环境单细胞数据库TISCH2

导语

利用单细胞测序技术解析不同治疗条件和治疗响应情况下肿瘤样本的微环境和生物学特征，将有助于确定导致耐药的细胞和提高肿瘤免疫疗法的实用性。

背景介绍

今天小编为大家介绍一个肿瘤微环境相关的单细胞数据库。TISCH首次于2  020  年  发表在NAR上，目前  被引用近200  余次。今年该课题组再次在  NAR  上发表文章  TISCH2: expan  ded datasets and new tools for single-cell transcriptome analyses of the tumor microenvironment，更新了TISCH数据库，涵盖了3倍于TISCH1的数据，并且提供了更为丰富的分析功能。文章题目为TISCH2: expanded datasets and new tools for single-cell transcriptome analyses of the tumor microenvironment。

数据介绍

TISCH2包括来自50种癌症类型的190个肿瘤单细胞数据集的超过600万个细胞。

数据库使用 

01搜索基因在肿瘤中的表达  

TISCH2提供了两个功能模块——数据集模块和基因模块。进入TISCH2的界面后，首先可以搜索我们感兴趣的基因。这里，我们搜索了明星基因TP53。Cancer type可以选择肿瘤类型或者选择泛 癌，我们选择默认的乳腺癌 。Cell type included in datasets可以选择关注的细胞类型，例如B细胞，CD4细胞等，也可以选择全部 。Lineage for calculating correlation可以选择接下来用于计算相关性的细胞系类型。

结果直接给出了 TP53在不同乳腺癌单细胞数据集中所有细胞类型的表达情况（ Average gene expression ）。 红色 越深表示表达量越高。 点击右上角可以保存为多种文件 形式的图片 。

TCGA Survival选项显示了该基因在TCGA数据中的生存分析，P值显著的肿瘤类型颜色加重。

Gene Correlation选项为该基因的共表达基因，并使用热图显示了最相关的基因。

02对单细胞数据集的分析  

其次，我们可以按单细胞数据集搜索。 对于单个的数据集，可以提供其细胞类型注释、基因 表达可视化、差异基因表达、GSEA结果、转录调节因子分析结果和细胞间相互作用结果的信息。对于多个数据集，可以进行不同治疗组的基因表达比较。

以选择BRCA_GSE161529数据集为例 ，Overview展示了聚类和细胞类型分析图，差异表达基因及其分布。

Gene选项可以观察感兴趣的基因在不同细胞类型中的分布和表达情况。

GESA分析包括多种选项，并可以导出热图。

例如，我们观察了该单细胞数据集是否在细胞凋亡基因集中富集。

CCI选项为细胞间相互作用，以此来研究这些细胞和信号如何协调功能。可以使用预先计算的交互计数热图来描述cluster之间的通信，选择感兴趣的cluster可视化重要配体-受体对的数量。

下边两张图为特定细胞群和其他细胞群的相互作用的概率和具体的基因对之间相互作用的概率。图片过长，仅展示一部分：

TF enrichment选项用来识别在每种细胞群中调控基因表达的转录因子，并使用热图来展示每个细胞类型各自的关键转录因子和每个细胞类型内部的关键转录因子。

使用多个单细胞数据集时，可以对它们的表达情况进行比较。

小编总结

TISCH2数据库整合了50种癌症类型的超过600万个细胞的单细胞数据，并重点提供了关于肿瘤免疫微环境中基因表达和细胞互作的信息。