干文娟教授：肿瘤基因检测质量控制和报告解读，需了解这五个问题

癌症的发生机制非常复杂，随着医学领域的快速发展和对癌症发病机制研究的深入，癌症诊疗已进入了全新的基因组时代。目前，对于癌症患者，基于基因检测结果的精准诊疗已获得国内外权威指南的推荐。而一份基因检测报告的精准与否取决于有无合格的质量控制；治疗方案的选取则依托于检测结果的正确解读。

针对基因检测的质量控制和报告解读，小编整理了几个问题：1.基因检测前为什么要对组织样本进行病理质控？2.基因检测报告中的质控参数有多重要？如何理解？3.怎样看懂基因检测报告中的用药推荐？4.怎么样看待患者两次基因检测结果间的“千差万别”？5.如何解释检测报告中频繁出现的临床意义未明变异？

本期的【绘真有约·大咖答疑】非常荣幸邀请到了苏州大学附属独墅湖医院病理科主任——干文娟教授，针对上述问题做了简要解答。

干文娟 教授

苏州大学附属独墅湖医院病理科主任

医学博士，主任医师，副教授，博士生导师

中国抗癌协会神经肿瘤专业委员会委员

中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会胶质瘤协作组委员

江苏省抗癌协会神经肿瘤专业委员会委员

江苏省研究型医院学会分子及数字病理专业委员会委员

苏州市医学会病理学专业委员会委员兼学术秘书

苏州市医学会病理学专业青年委员会副主任委员

苏州市工业园区金鸡湖卫生人才计划特聘人才A类

江苏省医学会医学科技奖二等奖，第一完成人

绘真：1.基因检测前为什么要对组织样本进行病理质控？

干文娟教授：

目前，在临床肿瘤实践中，循证医学的理念已经被广泛认可，医生结合基因检测结果来评估患者诊疗方案，是肿瘤精准治疗的重要环节。实践表明，在基因检测环节，组织样本富含足量的肿瘤细胞，是全面分析肿瘤突变基因的基本条件。而且，国内外专家共识对组织标本的肿瘤细胞含量也是有要求的，一般情况下，适用于NGS检测的组织标本中肿瘤细胞含量建议应该达到 20% 以上，否则由于正常DNA的稀释作用，突变检测的敏感性会有所降低。所以在基因检测前，通过HE染色确认肿瘤细胞的含量则是必不可少的关键步骤，也是拿到准确数据的首要条件。那么在样本的病理质控流程上，有数据表明，约 10% 的组织样本，单靠HE染色是无法做出明确的形态学诊断的，导致肿瘤细胞含量无法准确评估，尤其是那些低分化或者未分化的肿瘤。这个时候，病理医师需要结合患者的免疫组化报告来辅助评估，以切实提高病理质控的准确率，辅助临床拿到最精准的检测结果。所以，基因检测前，样本病理质控的合格性正是检测准确性的第一道保障

绘真：2.基因检测报告中的质控参数有多重要？如何理解？

干文娟教授：

《二代测序临床报告解读指引》中提到，当临床医生拿到NGS检测报告时，应关注样本检测过程中的质控参数、可报告范围（检测内容）、检测方法及其局限性等相关内容。而一份报告的结果是否真实可信，恰恰严重依赖于这些看似不起眼的质控信息。基因检测的质控参数大致分为样本质量和测序质量两个方面。样本质量上，肿瘤细胞含量制约着突变的检出和丰度，而样本中DNA提取量和降解程度无疑是检测成功的关键，DNA越高的提取量和越低的降解程度是质量合格的关键；测序质量上，平均测序深度可以简单理解为，检测获得的目标区间上的测序数据量（碱基总数）与该区间大小的比值，如果具体到一个位点上，测序深度就表示这个位点被检测的次数（X）；通常，测序深度的过高或过低都会降低测序的准确性。而测序覆盖度表示为实际测试区域占目标设计区域的比例，它体现着检测结果的全面性，目标区域覆盖度越高，检测结果就越全面。除此之外，测序质量还包含插入片段长度、序列回帖率等多种参数，关注更多的质控参数评估会让NGS测序结果更加准确可靠。

绘真：3.怎样看懂基因检测报告中的用药推荐？

干文娟教授：

肿瘤的临床检测报告会结合患者具体的癌种及病理亚型，对相关变异指标与其针对性药物的疗效关系进行分级、归类。而对于临床医生来说，能够理解报告的逻辑结构，抓取关键信息，综合分析指导用药决策是非常关键的！《肿瘤二代测序临床报告解读共识》根据AMP/ASCO/CAP联合制定的体细胞变异解读指南，将变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为A/B/C/D四个等级。其中，经国家监管机构批准或指南推荐以及专家共识推荐的A级或B级药物证据等级相对较高，决策性较好，应为临床优先考虑的用药方案。而基于药物在肿瘤的研究限制，C级别中包含了其他癌种的跨适应证药物，或者本癌种处于临床试验中的药物，也可作为探索性治疗方案。而D级的证据局限于临床案例或者临床前研究，也可以为临床医生提供一定的治疗思路。当然，所有的检测报告是从基因变异的角度，通过循证医学为临床医生指导患者可能的用药方案，而肿瘤的治疗是复杂的，变化的及个体化的，在用药决策方案时，患者临床情况必然是不可忽视的重要因素。总而言之，精准的检测报告加上医生对患者的治疗经验，共同为患者实现更多的获益！

绘真：4.怎么样看待患者两次基因检测结果间的“千差万别”？

干文娟教授：

目前，随着肿瘤发展分子机制研究的深入，国内外指南越发强调肿瘤治疗过程中多次基因检测的意义。而临床上经常遇到肿瘤患者在两次基因检测后，拿到不同的检测结果。这种情况下，肿瘤中普遍存在的“空间异质性”和“时间异质性”是无法避开的焦点。肿瘤的“空间异质性”，是由于患者不同病灶往往携带不同的变异驱动，会导致同一患者在不同部位的取材样本中，可能检出不同基因变异结果；而“时间异质性”则是肿瘤在不同的发展时间，表现出不同的变异谱，最常见的例子就是患者在治疗前后，肿瘤原发突变和新发突变的变化，这往往伴随着肿瘤逃逸机制的形成，因此也强调肿瘤耐药后，再次基因检测分析耐药原因和治疗的重要性。其实，所有的异质性都是基于肿瘤复杂的发生和发展机制导致，是肿瘤进化的正常现象；而这种基因突变层面的“差之毫厘”，也可能是肿瘤患者药物疗效“谬以千里”的原因。而且，不难理解，晚期肿瘤患者的原发病灶和继发病灶之间，则同时兼具时间和空间两种异质性。因此，指南推荐肿瘤患者在治疗病程中，尽可能地遵循多病灶取材、多次基因检测，以获得更全面的检测结果，指导更精准的诊疗方案！

绘真：5.如何解释检测报告中频繁出现的临床意义未明变异？

干文娟教授：

在临床检基因检测的报告中，除了一些与肿瘤发生、发展及用药关系明确的变异之外，往往也会发现报告罗列出“临床意义未明”变异，所谓临床意义未明变异（variants of uncertain significance, VUS），就是这些基因变异目前尚未被证实与肿瘤的致病性关系，因此，肿瘤临床意义未明变异并没有相关的用药指导意义，通过VUS突变来指导患者的诊治并不可取。对于变异位点的致病性判断，可能随着研究的不断深入被发现存在更多的致病性证据，从而修订最初的判定。越来越多的临床意义未明变异将改变“身份”，可能被重新分级为致病性或者良性等级，用来辅助医生指导患者的诊治决策。因此，在《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》中，明确建议，临床意义未明的变异应该同样体现在检测报告中。总而言之，肿瘤患者的临床意义未明变异不应绝对当成“无关过客”，也需要受到临床和受检者的关注，尤其是那些基因检测并未发现明确致病性变异的肿瘤患者。

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