学术先声丨NGS指导罕见ALK基因间区融合肺腺癌患者个性化治疗

近日，江苏省人民医院与先声诊断合作，首次报道了一例晚期肺腺癌患者通过DNA-seq发现新型的FBXO11(intergenic)-ALK(exon 20-29)，该间区融合经FISH验证为ALK融合阳性，并经RNA-seq证实为经典的EML4(exon 1-13)-ALK(exon 20-29)融合，患者在接受克唑替尼治疗后疗效评估为PR（部分缓解）。该案例已发表于OncoTargets and Therapy（IF=4）[1]。

病例分享

一名49岁男性，因干咳持续2个月且进行性加重入院就诊。胸部增强CT示右肺中下叶占位，伴双侧肺多发实性结节，纵隔、两侧肺门、左侧腋窝、心膈角、肝胃间隙多发淋巴结。右肺穿刺活检进行组织病理学检查，显示CK7（+）、Napsin A（+）、TTF-1（+）和Ki67（15%）（图1A-D），患者被诊断为IV期（T4N3M1）低分化肺腺癌。

图1. 组织学检查结果

为寻求更精准的个性化诊疗方案，患者选择将穿刺活检标本送至先声诊断实验室采用SimcereDx Onco551实体瘤精准用药检测全景版进行二代测序（NGS）检测分析。DNA-seq显示携带罕见伴侣基因间区融合FBXO11(intergenic)-ALK(exon 20-29)，后经FISH和RNA-seq证实为经典EML4(exon 1-13)-ALK(exon 20-29)融合（图2A-C），患者成功受益于克唑替尼（图3）。本案例强调了间区融合的潜在意义以及RNA-seq验证的必要性。

图2. ALK 融合分析

( A ) DNA-seq显示FBXO11(intergenic)-ALK(exon 20-29) 融合和 ( B )  RNA-seq显示EML4(exon 1-13)-ALK(exon 20-29)融合；( C ) FISH 显示 ALK 基因断裂；( D ) ALK融合过程的推导（倒置+删除）。

图3. 克唑替尼治疗前后的代表性临床影像

本案例中DNA-seq与RNA-seq结果所显示的伴侣基因不一致，利用间区融合的原理以及基因在染色体上分布的位置，创造性地推导了该间区融合的发生过程，其在DNA水平上可能为复杂的EML4(exon 1-13)-FBXO11(intergenic)-ALK(exon 20-29) 三方重排（图2D）。

DNA-seq所提供的广泛分子谱特征显示，患者同时携带HR通路基因SLX4胚系变异以及大量的区段拷贝数变异，本文讨论了其与复杂重排的潜在关联，并提出应关注HR通路基因共突变是否会影响ALK-TKIs疗效。

小结

与传统的FISH/IHC相比，NGS通过检测识别特定的伴侣基因和融合断点，在识别融合变异方面表现出了巨大优势。同时，高通量的NGS提供了丰富的突变谱信息，有助于全面理解基因间区融合肿瘤的特征。先声诊断利用NGS平台帮助临床发现罕见融合，为患者寻得靶向用药机会。

END 

参考文献： [1]  Jing H, Youyuan Y, Fei Q, Zhongyu L, Jian W, Wen G. Partial Response to Crizotinib in a Lung Adenocarcinoma Patient with a Novel FBXO11 (Intergenic)-ALK (Exon 20-29) Fusion. Onco Targets Ther. 2023 Jul;16:535–540. doi: 10.2147/OTT.S406234. 

撰写丨Linda 编辑、排版丨SX