tNGS大火，LDT新规再添一把柴！

来源：基因江湖

2023年，tNGS热度空前，也争议不断。  

一方面，关于mNGS、tNGS、PCR等不同技术流派的高低之争不绝于耳；另一方面，各大中小厂家也纷纷下场，推出自己的tNGS解决方案。

市场选择之下，大家身体都很诚实。

更值得注意的是，继年初北京、上海陆续发布了《关于医疗机构自行研制使用体外诊断试剂试点实施方案的通知》（即大家广泛理解的中国LDT新规）后，近期，一份该文件附件《第一批试点品种申报要求和遴选原则》广泛流传。

在这份文件中，关于申报试点品种的要求，mNGS、tNGS也赫然在列，这也在一定程度代表了当下阶段政策制定者和审评专家的态度。

文件说了什么？直接看看原文：

在“对申报试点品种的考虑”（即建议纳入LDT试点品种）中有如下描述：

同时，在“暂不建议纳入试点的品种”有如下建议：

一正一反，监管与专家的态度已经很明确了：  

根据感染部位和产品原理：mNGS产品聚焦在中枢神经系统脑脊液样本；而tNGS产品则在血流、肺泡灌洗液、中枢神经系统脑脊液样本中适用。尤其是提到血流、肺泡灌洗液两种样本类型，tNGS明显更被推崇。  

个中缘由，大家似乎也达成了共识：一是血液样本中病原载量低核酸片段化严重，mNGS因技术局限性，导致其在血液样本中病原检测灵敏度不够，低载量病原可能出现漏检。二是肺泡灌洗液样本这类来自开放腔道的样本易受干扰。

政策层面的某种“偏爱”，似乎让业内觉得，tNGS这个“待爆”明星已然爆了。

莫非正如某些厂家所宣传，单凭血流感染这一特殊应用场景，tNGS将迎来弯道超车？

tNGS何以有这么大魅力？是否真能满足客户既要、又要、还要的需求？本篇尝试做一个简单回顾，带大家再走走tNGS的昨天和今天。

至少我们应清醒地认识到，tNGS中的“t”也已经不是当年的“t”了，各厂家的“t”也各有差异。  

01、扶摇直上的江湖地位

在tNGS之前，业内更具代表性的毫无疑问是mNGS技术。

相比传统病原学检测，mNGS通过直接提取临床样本中的DNA/RNA进行高通量测序，无需预设，无偏好性，且覆盖广泛，也由此奠定了其作为感染检测领域顶流的地位。

尽管mNGS已经解决了很多临床病原鉴定的问题，但也有其自身局限性：如宿主核酸占比高，导致mNGS低丰度病原检出灵敏度低；不能稳定检出微生物毒力和耐药基因；报告解读比较困难；且价格较高。

相比之下，tNGS的优势开始被广泛关注。

作为后起之秀，tNGS采用了不一样的技术路线，即靶向测序：  

通过超多重PCR扩增或杂交捕获技术，富集待测样本中特定病原微生物及其毒力和/或耐药基因，再进行测序。这样既降低了高人源核酸背景干扰，也大大减少了测序数据量。病原检测灵敏度更高、耐药和毒力基因检出更稳定、报告解读更简化、性价比更高，更贴合部分临床实际需求，可谓典型的经济适用型技术。

虽刚崭露头角，tNGS却并非只是产业界的自嗨，而是得到了很多专家学者权威机构的推荐：

今年7月，WHO发布的《利用靶向高通量测序技术检测耐药结核病》快速通讯，将tNGS作为WHO结核病综合指南的一部分。

再观国内，今年3月发表的《高通量测序技术在分枝杆菌病诊断中的应用专家共识》，对tNGS靶向测序给予了相当数量的描述和规范。

国际国内的多重认可，tNGS技术的应用前景在基因江湖中日渐明朗。

02、tNGS，离“既要、又要、还要”有多远？

根据富集策略的不同，tNGS主要分为两大流派：超多重PCR扩增、探针杂交捕获。

相较而言，探针杂交捕获法tNGS扩展性更强，适用严重、复杂感染、以及耐药检测和疑难感染检测。  

其通过使用与感兴趣的基因组区域互补的单链DNA或RNA探针进行基因杂交捕获富集，大大提高检测范围，不仅基因靶标数量丰富，还能精准实现耐药位点检出及毒株分型；外源性和内源性内参引入，更是探针杂交捕获tNGS完美搭档，解决了污染监控和校正的问题。  

局限在于，探针杂交捕获tNGS的不足则是流程长且复杂，导致耗时相对过长。  

打个比方，探针杂交捕获tNGS就好比一名大内高手，招招过硬，但技能启动时间较长，但似乎这一点已有改观的迹象。

超多重PCR扩增法tNGS，则更适用于较少数量的病原检测，在简单（如呼吸道感染）、普通感染，常规感染中应用较多。  

其使用位于感兴趣基因组区域两侧的序列特异性引物进行PCR扩增，然后再行测序，通常适用于较少数量的基本靶标，流程简单，上手较快，但PCR过程容易引入气溶胶污染和发生引物二聚体现象。

虽然策略不同，但总体来说，tNGS适用于特定目标的检测和分析，具有较高的特异性和灵敏性，同时成本较低，越来越符合“既要、又要、还要”的多重需求。  

就连“新发病原检测受限”这一曾经的软肋，也在技术精进中变得也不再那么扎眼。

譬如近来，华大、吉因加推出的tNGS产品，标榜对病原体的检出率高达95%以上，光看这个数据就已经非常具有吸引力了。  

03、群雄逐鹿的市场格局

tNGS技术方兴未艾，但市场厮杀早已一片红海。

我们选了几家颇具代表性的厂家和产品，也许可以管中窥豹，大致地看一看tNGS的最新发展。

（1）华大基因PTseq™  

8月，华大基因发布了采用多重PCR技术的tNGS检测产品“PTseq™呼吸道感染病原微生物靶向高通量基因检测”，主要聚焦痰液、肺泡灌洗液、咽拭子等呼吸道样本，检测范围覆盖268种靶标，涵盖95%以上的呼吸道感染常见核心病原体，同时可进行重点耐药基因和毒力基因的鉴定。

作为行业龙头，其产品自然影响力不小，基于多重PCR的tNGS产品通过正向富集的方法确实降低了宿主带来的影响，灵敏度有所提升；但需要注意PCR环节可能带来的实验室气溶胶污染等。

（2）金域医学MetaCAP™  

金域医学的做法则更值得玩味。继年初联合金圻睿推出超多重PCR建库体系的产品呼吸100™后，其在下半年，高调发布基于探针捕获法的新品-病原核酸测序产品MetaCAP™，宣传“采用百万探针重点捕获3000+病原，同源覆盖20000+种病原，做到了既有mNGS的广度，又兼具tNGS的特异性和灵敏度”。

虽说是从t到t，却不再是平替，金域从多重PCR到探针捕获的策略调整，则多少可以看出这个老玩家在技术路径上的再度斟酌。

（3）吉因加 tNGS-Max

（*吉因加做的这个三维图很有意思，可以仔细看看。）

与前两家聚焦呼吸道样本不同，赛道里的后起之秀吉因加，似乎更好地运用了其在肿瘤液体活检领域的优势，其推出的tNGS-Max，选择从血流感染这一行业难题入手。

不得不说，吉因加是懂得搞差异化竞争的；也恰巧暗合了LDT新政关于试点品种的选择。除了选择探针捕获法+种属层级带来的测得深、测得准等多重优势，其匹配的院内一整套自动化落地系统、生信分析能力，都让整个检测在院内落地至少看上去很美。  

除此之外，微远、圣湘、翌圣等企业也都陆续推出了自己的相关产品，tNGS战场上的各路势力，正在呈现出越来越丰富和专业化的趋势。

篇后语

随着更多玩家的入局，特别是一些行业新生力量带来的创新与改变，tNGS将在感染检测领域发挥越来越大的价值。  

可以预见，tNGS将继续向更多病种覆盖、更低成本和更快检测速度的方向前进；同时，如检测时间较长、操作流程相对复杂等技术局限性，也会随着全流程自动、智能化等技术平台的应用而大大改观。

技术和解决方案的全面发展势必推动行业的迭代前行：样本与数据处理的自动化和标准化将推动tNGS更具规模效应；人工智能的发展也会进一步改进数据分析的工具和算法。

也许，我们很快就能看到这样的新工具大显身手。

或许，它们正在发生！

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